Hola:
Por lo que veo la consulta tiene la intención del buen posicionamiento, así que movemos el tema pensando que aquí ta ayudarán mejor...
Pero me parece que la ubicación de archivos secundarios no influenciará nada en el posicionamiento (de todos modos en este foro te aconsejarán mejor).
Siempre digo que el buen posicionamiento se consigue con un buen contenido.
Saludos