Amigo, debes leer mas sobre PHP y Javascript, lo que pretendes hacer esta completamente mal, Javascript no interactua de esa forma con PHP, al ejecutar tu archivo PHP desecha todo el código HTML, y unicamente ejecuta el código PHP, para que sea mas facil de entender, cuando ejecutas archivo1.php PHP solo ve los siguiente:
Código PHP:
Ver original<?php
$_SESSION["demo"] = "Este es el valor de la primera funcion llamada primerafuncion";
$_SESSION["desde_archivo1"] = "SI";
$_SESSION["demo"] = "ESTE ES EL VALOR SEGUNDA FUNCION LLAMADA segundafuncion";
$_SESSION["desde_archivo1"] = "SI";
?>
Todo el código HTML PHP lo ignora por completo, para poder hacer lo que pretendes será necesario 1 de dos
a) implementar ajax para llamar a un archivo PHP
b) reedireccionar a un archivo php
En cualquiera de las dos será necesario enviar una variable GET para que sepas cual función es la que ha hecho la petición y saber que valor guardar en la variable de sesión