...aca el problema que tienes es en CSS no en jQuery...cuando agregas la clase "botoncla" el background-color no se modifica, porque tiene el background-color de #boton, lo que debes hacer es simplemente agregar !important al background de la clase
Código CSS:
Ver original.botoncla
{
background-color:#FF0000 !important;
}
y te sugiero acomodar tu codigo, css dentro del head, y scripts antes de cerrar el body