problema al enviar valores que contengan & desde un form, se cortan

[emprear]

Me parece que te estás complicando, si en definitiva los valores son los values de los campos del form, y estás haciendo onsubmit, pasá solo onsubmit="return valores();" y en la función recuperás los values de url y tag,

var varurl = document.getElementById('url').value;
var vartag = document.getElementById('tag').value

contruis la query y la agregás en

ajax.open ('GET', 'prueba.php?url='+varurl+'&tag='+vartag, true);
...
ajax.send(null);

ó si lo preferis con POST

function comprobar(){
var valores="url='+varurl+'&tag='+vartag;


ajax.open ('POST', 'prueba.php', true);
.....
ajax.send(valores);
}

Eso de pasar los par,ametros en el evento onsubmit me parece una recurrencia

Saludos