Bueno ante todo comentarte lo siguiente programas que sepa creo que no hay (si es que hay corrigenme).
Debes aclarar estos puntos siempre para poder realizar cualquier tipo de aplicación, hablaremos de aplicaciones web:
Define la envergadura de tu proyecto
Si tu proyecto es grande entonces talves sea recomendable por ejemplo el uso de JQuery, porque te digo esto porque es una librería que tiene bastantes bondades pero la mayoría de esas bondades uno no usa en el proyecto, solo un 20% usamos de la capacidad de JQuery, en todo caso puedes usar
http://zeptojs.com/ que es un JQuery resumido digamoslo así en donde solo se usa lo mas importante de esta librería, en otro caso podrías usar puro JavaScript que seria lo recomendable también.
Trata en lo posible que la carga de tus Script sean al ultimo de tu pagina y/o que sea dinamicamente
Esto generaría una pequeña velocidad al momento de mostrar tus paginas web y al generarlos dinamicamente aun un poco mas
Verifica que no se repitan funciones y código javascript innecesario
A veces cuando uno empieza a realizar su pagina web puede existir por ejemplo ValidarNombre, ValidarDireccion en ambos casos por ejemplo los dos validan que el objeto no sobrepase el limite de caracteres o este en blanco porque no mejor crear una sola función donde le envié como parámetro el objeto y la longitud máxima permitida no crees que seria mejor eso.
Trata siempre de declarar las variables necesarias y que se van a utilizar como variables publicas en todo el proyecto, porque podría ser el caso que crees variables en cada archivo js y puedan quedar en memoria generando lentitud en la carga
No es recomendable tampoco usar algunas funciones nativas del JavaScript como Eval porque es un comando pesado y lento ademas que se puede realizar inyecciones a través de el, otros mas
for in, etc.
Que pasa si el Javascript del Cliente esta desactivado
A veces un programador web no toma en cuenta esto y solo valida en lado Cliente error fatal si tu haces esto puedes estar cometiendo un error irreparable siempre hay que tratar de validar también del lado Servidor pero siempre validando que el Javascript esta deshabilitado.
Bueno podría hablar mas pero es extenso, en la web existe bastante información de este tema en el cual debes siempre revisar
JavaScript Optimization