Primeramente viendo tu codigo, la consulta SQL esta mal, pero me imagino debio ser error de redaccion si quisieras hacer consultas podrias hacerlas de esta manera :
Código PHP:
$sql = " SELECT t1.campo1,t1.campo2,t1.campo3 ";
$sql .= " FROM tabla t1 ";
$sql .= " WHERE t1.campo1 = ".$valor1;
if($valor2 != null)
$sql .= " AND t1.campo2 = ".$valor2;
Mas o menos algo asi es lo que deberias hacer, ahora me parece pero podria estar equivocado creo tu problema es a la hora de armar las consultas SQL y no en lo de PHP.
Saludos