Gracias por tu respuesta.
Pude solucionar el problema y no tenía nada que ver con socket.io, sino, mas bien con Express y que mi version estaba actualizada y la forma de llamar a socket.io era incorrecta para mi nueva versión, que lío. Créeme que probé todas las formas habidas y por haber hasta que encontré la solución, te la paso:
Código PHP:
var io = require('socket.io');
var express = require('express');
var app = express.createServer();
var server = app.listen(8080);
var ioServer = io.listen(server);
app.get('/', function (req, res) {
res.sendfile(__dirname + '/index.html');
});
Hay que colocar ese codigo a la hora de crear el servidor... un saludo.