@RabidFish
No está muy claro lo que estás haciendo.
vos querés armar esto
http://www.ejemplo.com/descargas/utilidades
pregunto, "descargas", es una categoría? ó las categorías serían
http://www.ejemplo.com/descargas/utilidades http://www.ejemplo.com/descargas/documentos http://www.ejemplo.com/descargas/musica
las que están en negritas
Tu index.php consulta una base de datos? o solo construye la ruta al archivo que se quiere bajar.
Fijate que en tu primer ejemplo usabas solo "sec" como parámetro en la url, ahora tenés "sec" y "sub"