¿Alguien sabe porque pasa esto?

[cvelazquez]

pateketrueke tiene razón, debes utilizar la función eval() de php para que el texto que contenga código de éste tipo sea tratado como tal, y no como un string.

Acerca de tu última respuesta, el navegador nada que ver con php ya que sólo recibe el html y javascript que el php genera. Es decir, HTML significa HyperText Markup Language y PHP significa Hypertext Pre-processor. En otras palabras, el php sólo genera HTML y sus respectivas etiquetas como script, etc. (además de las sesiones y otras cosas, pero la función principal es esa).

Así que, la función que realmente esta colocando el texto con las líneas de comentario de tipo html es la función "echo" del php, por lo que regresando al primer párrafo, debes utilizar la función eval()

Ah y como sugerencia, no es recomendable guardar en la base de datos código como tags html ó php (que vaya a ser evaluado), por motivos de seguridad.