Si usas apache:
Guardá tus swf en una carpeta que contenga un .htaccess con la siguiente directiva
Código Apache:
Ver originalAddType application/octet-stream .swf
eso va a forzar cualquier descarga de swf que esten en ella.
También se podría hacer con php, te dejo un ejemplo de algo que está hecho para otra cosa (archivos PDF), pero el funcionamiento básico sería igual para los swf (el tema de la autorización y la seguridad puede obviarse)
Fijate los links en loguin.php (el tercero fuerza la descarga)
http://foros.emprear.com/proteger_pdf/
El .zip tiene los códigos
Saludos