bueno, la HTML5 FileApi hasta dónde sé sólo permite acceder a los archivos (bajo un ambiente muy controlado) realmente dudo que permita escritura.
con respecto a IE no te recomiendo indagar en bug's, aparte de que se considera ilícito y esta en contra de las políticas del foro, así que en ese punto no puedo ayudarte, sorry.
Y terminamos con flash, applets de java, silverlight y similares, bueno con ellos se puede acceder a los archivos (obteniendo permisos del usuario) pero realmente dudo que permitan escribir.
Si lo que quieres es almacenar datos en el navegador, que sean más que una Cookie, puedes usar HTML5 LocalStorage, puedes tener gran cantidad de datos, pero se almacenan por dominio y navegador tal cual cookie, investiga al respecto y mucha suerte
