duda con consulta

[gnzsoloyo]

ahora sobre lo que necesito es lo contrario osea en este caso sin salud y cormena son las que tomo con un inner join facilmente lo que necesito es saber las que no están en la tabla prestaciones en este caso es la isapre 01 y la isapre 04

Eso es todavía más sencillo.
Si te fijas con cuidado, verás que la segunda consulta devuelve nulos precisamente donde no hay coincidencias. Son esos nulos los que debes buscar, teniendo en cuenta que si son NULL, la tercera tabla no devolverá ningún dato.

Código MySQL:

-> WHERE C.ID_CLINICA IS NULL;
+------------+-------------+------------+-------------+
| ID_ISAPRES | VAL_ISAPRES | ID_CLINICA | VAL_CLINICA |
+------------+-------------+------------+-------------+
|          1 | BANMEDICA   |            |             |
|          4 | CORMENAL    |            |             |
+------------+-------------+------------+-------------+
2 rows in set (0.16 sec)
 

O bien:

Código MySQL:

mysql> SELECT
    ->     I.ID_ISAPRES,
    ->     I.VAL_ISAPRES,
    ->     IFNULL(C.ID_CLINICA, '') ID_CLINICA,
    ->     IFNULL(C.VAL_CLINICA, '') VAL_CLINICA
    -> FROM isapres I
    ->     LEFT JOIN
    ->     prestacion P ON I.ID_ISAPRES = P.ID_ISAPRES
    ->     LEFT JOIN clinica C ON P.ID_CLINICA = C.ID_CLINICA
    -> WHERE P.ID_ISAPRES IS NULL;
+------------+-------------+------------+-------------+
| ID_ISAPRES | VAL_ISAPRES | ID_CLINICA | VAL_CLINICA |
+------------+-------------+------------+-------------+
|          1 | BANMEDICA   |            |             |
|          4 | CORMENAL    |            |             |
+------------+-------------+------------+-------------+
2 rows in set (0.00 sec)
 

Como verás, apoyarte en la segunda tabla o en la tercera da el mismo resultado.