A ver si te entendí
Código Apache:
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RewriteEngine On
# Ejemplo 1
# si se ingresa dominio 1 carga en carpeta 1
RewriteCond %{HTTP_HOST} dominio1.com
RewriteCond %{REQUEST_URI} !carpeta1/
RewriteRule ^(.*)$ carpeta1/$1 [L]
# Ejemplo 2
# si se ingresa dominio 1 carga en carpeta 2
RewriteCond %{HTTP_HOST} dominio2.com
RewriteCond %{REQUEST_URI} !carpeta2/
RewriteRule ^(.*)$ carpeta2/$1 [L]
SAludos