No se si es una animalada pero podrias editar el csv y convertir cada registro en un INSERT INTO.... si sacas el csv de excel te será facil. Luego lo guardas como .sql y lo ejecutas en el servidor mediante la administracion de la bbdd.
Supongamos que el csv es
1,2,3,4,5,6
7,8,9,10,11,12
Puedes convertirlo en
INSERT INTO nombreTabla (...listaCampos...) VALUES (1,2,3,4,5,6);
INSERT INTO nombreTabla (...listaCampos...) VALUES (7,8,9,10,11,12);
De casualidad he encontrado este link que parece que hace lo que te decia
Convert CSV files to SQL INSERT statements no debe ser tanta animalada. (
otro!!!)
O insertar con el propio csv pero desde la administración de la bbdd...
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/load-data.html