Gran frustracion e impotencia por un proveedor

[rlc]

Buenas noches a todos,
Les planteo la siguiente situacion : Tengo una web con 8000 visitas por dia que recientemente mude a un VPS2 de Neolo.com.ar por lentitud en otro proveedor.
Todo de maravillas hasta que el dia Jueves pasado a las 17 hs mi proveedor me baja la web aduciendo un alto consumo de CPU que ponia en riesgo el nodo donde corre mi VPS. El técnico me dice que debo "optimizar" instrucciones SQL y/o crear indices en mi BD, ok, he revisado y veo que me faltaban algunos indices en tablas importantes.
El tema es que revisando el WHM, en Main >> Server Status >> Daily Process
para el dia del corte y el previo, arroja el siguiente cuadro :

Note: These figures are averages since 0000 hours today.
Note: This script will only track CGI CPU/memory usage if you have suexec installed.
You have 4 CPUs; therefore, these CPU percentages are divided by 4 to indicate the true percentage of all CPU power used.
UserDomain % CPU % MEM MySQL Processes
mysql 26.25 3.38 0.0
sanjuan compraensanjuan.com 3.44 13.62 5.3
root 0.14 6.09 2.0
mailnull 0.00 0.21 0.0
nobody 0.00 2.94 0.0
dovecot 0.00 0.40 0.0
named 0.00 0.20 0.0
mailman 0.00 0.00 0.0
cata2012 compraencatamarca.com.ar 0.00 0.00 0.0
autosj autosanjuan.com.ar 0.00 0.00 0.0
xfs 0.00 0.00 0.0
cpanel 0.00 0.00 0.0
sshd 0.00 0.00 0.0
unauthenticated 0.00 0.00 0.1
leechprotect 0.00 0.00 1.0
eximstats 0.00 0.00 1.0
DELAYED 0.00 0.00 1.8

Donde puede verse que el uso de la CPU por el MySQL fue solo del 26.25%!!
Estoy viendo bien? de donde obtuvieron ellos que mi sitio tiró abajo la CPU del servidor de VPSs?
Voy para 72hs con el sitio caido y estoy fuera de control. Por favor, unas palabras de consuelo!!
gracias por leerme,