¿Cómo que raro?
A decir verdad es lo que has programado lo que agrega dicho carácter, no vayas a creer que es el mismo php el que te está jugando chueco.
Sólo por decir algo, ahí es donde agregas supuestamente los saltos de linea al final de todo.
Código PHP:
fputs($gh,$output."\r\n");