Pero cuando dices que todos los emails se envían como si el remitente fuese "
[email protected]", ¿de dónde has configurado eso?
Si los mensajes los genera y envía directamente el servidor, mediante algún aplicativo o software, debes buscar en las opciones de configuración de ese aplicativo o software.
Si los mensajes se envían desde clientes de correo (como Outlook, etc), desde ese cliente de correo se puede configurar el campo "Reply To".