Con
scandir tienes la lista de ficheros y con
filemtime tienes la fecha de modificación de un fichero, construir un bucle que sobre la lista vaya leyendo el filetime y lo guarde junto con el nombre en un array de dos dimensiones y luego ordenar este por la fecha no parece complicado. No se si hay una funcion que te lo haga todo.
Imagino que con ftp_rawlist y
ftp_mdtm puedes hacer lo mismo.