Tamaños en px o porcentajes

[cristian_cena]

Planteas una pregunta que no puede tener una sola respuesta, es decir no es que la unica opcion válida es usar % o usar px, sino que si quieres una maqueta líquida usas % y si quieres una maqueta fija usas px, y si quieres una maqueta flexible usas min y max width mas media queries, son 3 formas distintas de encarar el problema en funcion del diseño que tengas o la idea que sigas.
Si usas media queries no estas obligado ni es mejor practica usar % para las cajas (estructura, layout), ya que justamente lo usas para controlar los px de tu width. Aunque tampoco es mejor usar px, ya que tu idea puede ser hacer una maqueta líquida.
En fin, todo depende, no hay una única solución.