podes hacer que cada comentario tenga en la tabla de la base de datos un campo que sea algo como "denunciado", una columna con ese nombre, donde los posibles valores sean 1 o 0, si esta denunciado entones ese comentario tendrá un 1 en la tabla, de lo contrario 0.
Siempre que tengas que mostrar comentarios haces una validación y verificas que este campo "denunciado" NO este en 1 , si lo esta entonces no lo mostras porque está denunciado, de lo contrario si está en 0 haces echo "blablabla... ", lo mostras.
Para el momento en el cual alguien pone un comentario y luego viene otro y lo denuncia, entonces ahi lo que podes hacer es algo como ocultar ese comentario con javascript, usa display: none; para ocultarlo, y en el momento que lo ocultas mandas una petición AJAX a algun script php en el servidor, enviando un 1 y con el id del comentario para hacer una consulta UPDATE en la tabla de comentarios y así poniéndolo con el valor "denunciado" en 1 para saber que no se va a mostrar en la próxima vez.
Es lo que se me ocurrió asi ahora
