usa el "/" como principio de la ruta para indicar que la misma inicia desde la raíz del sitio:
<li><a href="
/afiliados.php">Consultar Capitados</li>
<li><a href="
/cargar_capitacion.php">poblacion</li>
<li><a href="
/prueba/pp.php">pp[/url]</li>
NOTA: puede que en localhost tengas problemas si tienes el proyecto del sitio en una subcarpeta, por lo que fallará a no ser que condiciones en una variable de php que se coloque la ruta de la subcarpeta:
Código PHP:
<?php $subdir = "/proyectox"; ?>
<li><a href="<?php echo $subdir ?>/afiliados.php">Consultar Capitados</li>
pero en el servidor de producción estableces
$subdir = "";, ya que como te dije, solo es problema de localhost, no debe presentar problemas en un dominio si es la raiz.
Frameworks como CI traen funciones como base_url(), si usas algún FW investiga en su componente de enrutamiento (routing)
Otra forma de resolverlo en localhost, es crear un VirtualHost con apache
