Yo utlizaria el operador Except:
Código:
Select *
From MiTabla1
Except
Select *
From MiTabla2;
Sin embargo- tambien con los operadores Exist, Join e In deberias encontrar la resta entre las tablas, a menos que hay nulos (Null) en ambas tablas.
Edición: solamente ahora he visto tu ultimo mensaje.
Intenta si hay nulos en MiCampo (en ambos servidores): el operador Not In combinado con nulos te devuelve resultados que no son correctos.