¿Son muchos orígenes y destinos? No sé con Javascript pero con PHP podés hacerlo. Aunque si son demasiado orígenes y detsinos puede ser un poco largo de esta forma. Sería cuestión de recorrer todos los orígenes y destinos y luego compararlos mediante if. El resultado de la ruta intermedia lo guardás en una variable. Luego mostrás esa variable.
Código PHP:
if (($origen==1) && ($destino==1))
{
$intermedia=11;
}
elseif (($origen==1) && ($destino==2))
{
$intermedia=12;
}
Y así siguiendo. Luego solo resta mostrar la variable intermedia. Ahora si son 900 orígenes y destinos esta forma no es muy eficaz.