POO (programación orientada a objetos) es sólo un paradigma, usar clases no te proporcionará seguridad y hacerlo de mala forma no evitará código desordenado, poco a poco y siguiendo las buenas practicas y patrones de diseño aprenderás a organizar mejor el código, cuando inicié mi código tampoco era una belleza
te recomiendo iniciar con PDO, así te familiarizas un poco con usar objetos en vez de puras funciones, y poco a poco aprendes POO, luego aventurate en un Framework MVC, Codeigniter es el ideal para empezar, mi favorito es Symfony2. pero eso amigo lo elije usted, existe gran variedad y lo justo es indicarselo
