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Iniciado por Nekko 
Es un problema del código de tu index.php o de tu home.php y no de las carpetas físicas. Podrás facilitarnos el código del loop?
Gracias Nekko, este es mi código del index.php
Código PHP:
<?php
/**
* @package WordPress
* @subpackage Themolio
*/
?>
<?php global $themolio_options, $isThemolioMobile; ?>
<?php get_header(); ?>
<div class="container<?php themolio_fullwidth_class(); ?>">
<?php if( have_posts()) : ?>
<?php if($themolio_options['blog_style'] == 'grid' and !$isThemolioMobile): ?>
<?php get_template_part('content', 'grid'); ?>
<?php else: ?>
<?php while(have_posts()) : the_post(); ?>
<?php get_template_part('content', get_post_format()); ?>
<?php endwhile; ?>
<?php endif; ?>
<?php themolio_get_pagination(); ?>
<?php else: ?>
<div id="post-0" class="post no-results not-found">
<h1 class="entry-title"><?php _e('Sorry, no entries found','themolio'); ?></h1>
<div class="entry-content">
<p><?php _e('Try searching again...','themolio'); ?></p>
<p><?php get_search_form(); ?></p>
</div>
</div>
<?php endif; ?>
</div>
<?php if($themolio_options['blog_style'] != 'grid' and !$isThemolioMobile): ?>
<?php get_sidebar(); ?>
<?php endif; ?>
<?php get_footer(); ?>