tendrías que usar obviamente centrado con HTML básico y ver si la librería lo considera:
o usando tablas y
align="center"
¿porque no usas TCPDF?, es una versión mejorada de fPDF
NOTA: <center> y el atributo align están obsoletos,
pero eso no quiere decir que el paser de librería no lo use,
NO debe usarse en HTML normal 