Javascript NO tiene acceso al IO, HTML5 FileApi es un API del navegador que le permite a javascript acceder a la data de archivos locales bajo un sandbox de seguridad controlado,
NO es javascript el que accede a la data, Javascript NO puede acceder al sistema de archivos, es el Navegador, son 2 cosas muy diferentes, y es mucho más seguro que el WSH (Windows Script Host) que fue el causante del conocido virus "i love you" que atacó a mediados del año 2000, HTML5 File API depende del navegador y es parte nativo del mismo, NO se incluye en Javascript, es una API moderna y con las limitaciones suficientes como para impedir el acceso a la información del sistema de archivos local.
en fin, lo que necesita NO se logra con sólo Javascript, y le aseguro que eso sólo se hace con uno de éstos componentes:
-Plugins como adobe flash, silverlight, applets de java
-HTML5 File API
-IE y WSH (dehabilitado por obvias razones)