Probablemente la opción más sencilla sea Zenity:
https://en.wikipedia.org/wiki/Zenity, combinado con un script:
Código bash:
Ver originalwhile true; do
zenity --info --text "Mensaje"
sleep 3600
done
También podés hacerlo a través de cron, aunque en ese caso quizás tengas que jugar con la variable $DISPLAY para que la ventana se muestre.
Saludos.