Hay un plugin al respecto;
SEO Data Transporter
El cual te permite migrar datos SEO de una configuración a otra.
Dos aspectos muy importantes a tener en cuenta al usar este plugin.
- Trabaja—necesariamente—en el supuesto que estés migrando de un plugin a otro (All in One SEO a SEO Ultimate, por ejemplo).
- Realiza cambios en las tablas, generando campos adicionales que hacen muy transparentes la migración.
El punto en contra de esta recomendación es que ya manifestaste no poder trabajar con la base de datos
