Redireccionamiento con .htaccess

[avetik]

Buenos días.
Estoy diseñando un sitio web y tengo una duda que no me deja dormir:)

El sitio es bastante complejo por lo que existe carpeta raíz, donde están ubicados los archivos principales, y las subcarpetas.

Ahora bien, todos los archivos estan hechos a base de php con el típico <? include("header.php"); ?> ( footer, slider etc.).

EL problema es que cuando hago el comando <? include("header.php"); ?> en la carpeta raiz no hay ningun problema pero cuando hago <? include("../header.php"); ?> coge el header correctamente, pero no consigue coger las imágenes desde la carpeta.

La opción que tengo es en vez de colocar src="archivo.php" coloque src="sitioweb.es/archivo.php", pero es muy complicado de cambiar todo.

Y ahora por fin viene la pregunta:

¿Es posible realizar este redireccionamiento a través del archivo htaccess o cualquier otro medio evitando cambiar cada enlace en el header, footer y el resto de los archivos?

Si me he explicado bien preguntes y contestare inmediatemente,

Gracias de antemano.