En primer lugar, jquery no hace el upload, lo hace php o el lenguaje del servidor que utilices. en el casoo de php, que es el que manejo, las directivas que afectan la subida de archivos son
file_uploads
upload_max_filesize
max_input_time
memory_limit
max_execution_time
post_max_size
file_uploads = obviamente la tenes habilitada, sino no podrías subir nada
upload_max_filesize = es modificable desde .htaccess
max_input_time = es modificable via .htaccess
memory_limit = es modificable via .htaccess o ini_set()
max_execution_time = idem la anterior
post_max_size = es modificable via .htaccess
Para realizar modificaciones en .htaccess, php debe estar instalado como módulo de Apache y no como cgi (tendrías que verificar con phpinfo():
Hay otras alternativas, como el uso de archivos php.ini de usuario o modificación de valores vía panel de Cpanel ó similar, aunque para esto ya deberías consultar al administrador
Para saber como y de que manera puedan afectar dichas configuraciones al proceso de upload, consultá el manual de php
http://www.php.net/manual/es/ini.list.php
En conclusión, existe la posibilidad de que puedas cambiar los limites.
Otro factor a tener en cuenta es la configuración si usas ftp., que es independiente del php, ahi ya tenés que consultar al administrador también.
si conseguiste aumentar el tamaño permitido, ahi ya tenes que empezar a preocuparte por los tiempos de ejecución, que también se relaciona por cierto con la velocidad de transferencia del usuario
Saludos