No hay conflicto en lo que planteás
<a href="http://emprear.com"><img src="a.jpg" onmouseover="this.src='b.jpg'" onmouseout="this.src='c.jpg'" width="100" height="100" /></a>
el enlace va a seguir funcionando como tal, y las substituciones van a hacerse.
Además en tanto la imagen esté contenida en el enlace van a comportarse como una unidad, diferente sería la historia si estuviese fuera del mismo.
SAludos