Depende de si es innodb o myisam y de muchos parámetros más que dependen de las características de tu máquina. Nada más ajustando los buffers notarás una mejoría importantísima. Te recomiendo un artículo que creo que es básico si tus tablas son innodb:
http://www.mysqlperformanceblog.com/...fer_pool_size/