Tienes que pensar en dos cosas.
1.- PHP es interpretado del lado del servidor.
2.- Javascript es interpretado del lado del cliente.
Por lo tanto, todo lo que hagas en php sera cargado al momento de cargar la pagina.
Si quieres que un usuario haga algo en la pagina y tu puedas actualizar tu base de datos, tienes que hacer que javascript le lleve los datos a php ya sea por medio de ajax o ya sea por medio de una accion que recargue la pagina.
Sin esa estructura, nunca podras hacer que javascript tenga codigo php dentro.
Saludos!
