Bueno, esto de los frames complica más que ayudar, creo haberle visto alguna utilidad allá por 1998, pero no recuerdo específicamente porqué los usé.
La mejor opción creo que podría ser que el enlace para cerrar sesión sea "a pantalla completa" y después redirijas a la página donde creas toda la parafernalia de marcos.
<a href="logout.php"
target="_top">Cerrar sesión</a>