Bueno, creo que no existe una formula mágica para solucionar estos problemas que se presentan porque por mas buena que sea tu planificación siempre existiran detalles que se te olvidara o por falta de experiencia no tendras en cuenta y solo cuando uno se enfrenta al problema es que se da cuenta de lo que hacia falta.
Lo mejor que es puede hacer es programar separando lo que es la estetica, la logica y los comportamientos, en otras palabras planear por separado lo que es el html, las hojas de estilo css y la programación web (PHP y javascript). Segundo pensar que si estas realizando una tarea que ves que pueda ser de tipo repetitiva la conviertas en una función o si trabajas en POO pienses seriamente en implementar clases con el fin de optimizar detalles como conectar bases de datos, crear tablas, paginaciones, etc. Asi si por algun motivo has olvidado algo en lugar de tener que modificar una por una las paginas solo es necesario actualizar la clase o la función con la que se desea trabajar.
Otra buena idea es planificar las paginas web de modo que sean modulares, de esta forma en lugar de crear una pagina con dos mil lineas, creas modulos que son independientes entre si y facilmente adaptables.
http://www.zonaphp.com/creando-webs-modulares/
Este ejemplo es bastante sencillo pero creo que muy instructivo y te dara idea que como lograr mejores diseños. La idea es que lo entiendas y con tus conocimientos poco a poco lo mejores.
Espero y te sirva de ayuda para empezar.