Yo lo estaba haciendo como tú usando java + mysql, pero al leer este mensaje no me gustó la idea de que el usuario tenga que instalar mysql en su ordenador para poder usar la aplicación, con lo cual empecé a usar la base de datos embebida que viene por defecto en Netbeans, llamada Apache Derby, y me cubre mis necesidades sin ningún tipo de problema.
Pruebala si te sirve, aunque si comentas que necesitas mucha seguridad y es una base de datos grande a lo mejor se te queda corto, pero por probar no pierdes nada.
Un saludo.
PD: Aprovecho para preguntar en este hilo si alguien sabe como se hace para construir la aplicación con Netbeans y poder probarlo en algún otro ordenador por ir probando las versionesa, ya que le doy a "Build" y no me genera la base de datos
