Mi cuenta tiene unos 4300 tweets y tiene indexados unos 2800, contando que tengo la cuenta de twitter desde 2006 y los tweets viejos no puede acceder a ellos, creo que los tiene indexados casi todos.
En principio debería influir bastante si enlazas desde otras webs a tu cuenta de twitter, o tus tweets. Por otro lado las menciones, retweets, hashtags y pertenencia a listas también ayudan.
Pero en realidad ¿de que sirve que estén indexados los tweets si no tienen apenas relevancia de cara a los SERPs?
Si quieres mirar por el SEO, centrate en las metricas sociales más que si en los tweets se indexan o no