Tienes mal construidas las condiciones de join
Código MySQL:
Ver original especies.nombre
AS especie
, especies_cruce.nombre
AS especie_cruce
FROM (animales
AS p
LEFT JOIN especies
ON // Condición que relaciona animales
y especies
) LEFT JOIN especies
AS especies_cruce
ON //Condicion que relaciona lo anterior con la segunda instancia de especies
el error concreto te esta diciendo que la tabla especies no tiene un campo llamado id quizas porque no usas el alias.
Si no lo solucionas muestera la lista de campos de las dos tablas y explicanos la relacion que buscas.
La sintaxis de JOIN es
((tabla1 ALIAS MODIFICADOR JOIN tabla2 ALIAS ON condicion) MODIFICADOR JOIN tabla3 ALIAS ON condicion)....
Si pones alias debes usarlos en el resto de la query.
No se entiende que quieres hacer aquí
FROM animales AS p, especies, especies AS especies_cruce
LEFT JOIN animales