Y qué te hace pensar que el error es por el htaccess?, claramente menciona que es la sintáxis de la consulta SQL, lo primero que debes revisar es la consulta misma, para ello puedes hacer lo siguiente:
Código PHP:
Ver original$query = "SELECT * bla bla bla, incluyendo variables o lo que necesites";
var_dump($query); // Esta línea la debes eliminar cuando soluciones el error.
Después nos cuentas lo que obtienes y sería más fácil identificar el error.