Si comprendo bien lo que haría seria, en la base de datos compartida agregar un indicador que determine quien cargo el dato "id_usuario" por ejemplo, y luego al momento de mostrar los resultados en tu consulta aplicas algo así
Código PHP:
$result=mysql_db_query("prueba1","select * from documentos WHERE id_usuario=$_SESSION[id]");
en el caso que guardaras el id en una session, espero haber sido de ayuda, saludos cordiales.