Bueno, creo que no se terminó de entender mi propuesta, pero la idea es que si puedes detectar aquellas rutas almacenadas tales que eliminando la dirección de la carpeta raíz, no contengan más nombres de carpetas, tendrás el listado de archivos que sólo están en la raíz.
Mi planteo apuntaba a saber si la dirección de la raíz está contenida en las rutas almacenadas, porque si es así, la consulta (tomando tu ejemplo de "/raiz/") sería mas o menos así:
Esto devuelve todos los registros donde la ruta almacenada, eliminando "/raiz/", no contenga ninguna barra (caracter típico de carpeta).
En cambio, si la ruta almacenada no contiene la cadena "/raiz/", sino sólo el nombre de carpeta+archivo, como por ejemplo: "carpeta/archivocualquiera.jpg", o si está en la raíz: "archivocualquiera.jpg), la consulta sería:
Lo importante es determinar qué partes comunes tienen las cadenas de las rutas en ambos casos, y eliminar esa usando la función adecuada.
¿Se entiende la idea?