Si no necesitás que funcione en todos los navegadores podés usar
FSO, que sólo funciona en Explorer y modificando las preferencias por defecto del navegador. Esto es porque javascript no puede acceder al sistema de archivos en entorno web. Una solución alternativa es crear una app de escritorio con Adobe Air, que sí permite trabajar con archivos. Y si te decantás por Air, quizá te interese, en lugar de almacenar en archivos, usar una base de datos SQLite.
