Malamente amigo... Cuando actualizaste del win98 a XP me imagino que te daría la opción de crear una carpeta uninstal donde guardaría toda la información por si acaso quisieras hacer esto que pides. Sería fácil "Configuración / Panel de Control / Agregar o Quitar programas" Pero yo nunca lo he hecho, mas que nada porque no me fio
Si no le diste a esta opción que te digo, no te quedará más que eliminar el OS instalado e instalar desde 0 el 98.
Depende de la distribución que tengas, no tendrás que formatear el HD.