1ero que nada, se hace con un while no con un if, el if se ejecuta solo una vez, el while se ejecuta hasta que la condicion sea FALSA.
El problema es que vos no presisas mostrar 1 <select name="nombreDelCombo"> por cada nombre de empresa que tenes, presisas mostrar 1 '<option value= "'.$row["id_empresa"].'">'.$row["nombre"].'</option>'; , por eso ese select name="nombreDelCombo" no va dentro del bucle ( while ) sino por cada nombre de empresa que recuperas con la consulta SQL te crea un select con un option y vos lo que queres es un select solo con varios options que contengan los nombres.
Tenrias que sacar ese select del while y dejarlo afuera y solo dejar los options dentro del while para que eso sea lo que te genere unicamente como queres.
Código PHP:
Ver originalinclude('ConexionBD.php');
echo '<select name= "nombreDelCombo">';
//Llenado de la lista/menu Y ACA SI PONES EL WHILE CON LOS OPTIONS
echo '<option value= "'.$row["id_empresa"].'">'.$row["nombre"].'</option>';
}
echo "</select>
Otra cosa, veo que en el option queres que como value tengas el id de empresa, pero en tu consulta SOLO LLAMAS EL NOMBRE, tendrias que llamar el id tambien, algo asi.
El codigo de abajo no lo mire, te corregi algunas cosas del 1ero nomas.