Muchas gracias!.
Tengo la versión 3.3.2 de Wordpress y la versión del qTranslate es la 2.5.29.
En Ajustes - Enlaces permanentes tengo /%postname%.html
Los enlaces a los diferentes idiomas los tengo definidos en el archivo sidebar.php
He probado de poner por ejemplo <a href="?lang=ca"> y ahora se me soluciona el problema que tenia, es decir, no se resetea la ruta del navegador y me redirige las páginas correctamente.
De esta manera me funciona correctamente, pero no sé si dejarlo así o hay otra manera.
Saludos