Supongo que lo que te pasa es que, cuando no te envian ningun dato, se queda en blanco, pero qndo los tienes es cuando aparece algo.
Podrias solucionarlo asi:
Código PHP:
$fields = $_POST['select'];
$hayDatos = 0 ;
for($i=0;$i<count($fields);$i++)
{
$hayDatos++ ;
$consulta = "DELETE FROM main_data WHERE id_data = '$fields[$i]'";
$ejecutar=mysql_query($consulta) or die ("Error !!");
echo "<script>alert('File deleted from Quotes History');
location='". $_SERVER['HTTP_REFERER'] ."';
</script>";
}
if ($hayDatos == 0)
{
// Codigo que quieres que aparezca cuando no hay ningun dato.
echo "Sin datos." ;
}