Tenés problemas con las comillas. Tenés esto:
Código PHP:
var alto=500;
var output="mostrar alto";
alert(output);
Deberías tener algo así:
Código PHP:
var alto=500;
var output="mostrar "+ alto;
alert(output);
Es ligeramente distinto, pero es lo que te está pasando (a diferencia de php, las variables entre comillas, aunque sean dobles, no se evalúan como variables sino como cadenas).