En realidad el atributo name es para elementos de formulario.
Como no pones el contenido de las div's, no estoy seguro de cuál es el criterio para distinguir una de otra. Porque si esos nombres dependen del contenido de la caja, puedes perfectamente discriminar cuáles ocultas y cuáles no leyendo ese contenido.
Pero si quieres usar id, podrías hacer que el programa que los genera vaya incrementando un valor y se lo agregue al final.
Código:
<div id = 'a0' class='clase1' > </div>
<div id = 'a1' class='clase1' > </div>
<div id = 'a2' class='clase1' > </div>
<div id = 'b3' class='clase1' > </div>
<div id = 'b4' class='clase1' ></div>
Todos los identificadores van a ser distintos, pero para elegirlos, solamente capturas el primer caracter, y con el escript le cambias el formato para que no se vea a los que quieras.