Bueno creo que tu problema se debe a que al pasar una pagina de html a .net ,por defecto .Net asigna nombres a los controles que utilizas , ejemplo :
<input type="text" name="mitexto" size="30"> cambiandolo a .Net seria :
<asp:TextBox size="30" name="mitexto"/>
pero .Net lo escribe asi
<input name="C_10" id="C_10" size="30">
ya que como .Net esta orientado a objetos no toma en cuenta el atributo name , solo usa el id...
referente al otro problema , bueno un control de servidor se pone por encima de los demas ya que en la jerarquia este pesa mas que cualquier otro elemento , lo ideal seria que el menu fuese insertado en una capa o celda.
bueno espero que esto te sirva